Arrêt maladie et congés payés : un salarié peut-il vraiment perdre ses jours ?

Qu’est-ce que la règle sur les congés payés en cas d’arrêt maladie ?

La question des congés payés pendant un arrêt maladie a longtemps suscité des interrogations dans les entreprises. La réforme entrée en vigueur en 2024 a profondément modifié les règles applicables afin de mettre le droit français en conformité avec le droit européen. Les employeurs doivent désormais intégrer ces nouvelles dispositions dans leurs processus de gestion des congés et de suivi des absences.

Pour les TPE et PME, ces évolutions ont un impact direct sur le calcul des droits, la gestion administrative des absences et les obligations d’information envers les salariés. Une bonne maîtrise de ces règles permet de sécuriser les pratiques RH et d’éviter les litiges liés à l’acquisition ou au report des congés.

Avant 2024 : pourquoi les salariés pouvaient perdre des congés

Jusqu’à récemment, le Code du travail distinguait les absences d’origine professionnelle et les absences d’origine non professionnelle.

Lorsqu’un salarié était en arrêt maladie classique, les périodes d’absence n’étaient pas assimilées à du temps de travail effectif pour l’acquisition des congés payés. Concrètement, un salarié en arrêt longue durée pouvait voir son compteur de congés diminuer significativement pendant sa période d’absence.

En revanche, les absences liées à un accident du travail ou à une maladie professionnelle ouvraient déjà droit à l’acquisition de congés payés, sous certaines limites.

Cette différence de traitement a été remise en cause par plusieurs décisions de la Cour de justice de l’Union européenne, puis par la jurisprudence française, qui considéraient qu’un salarié ne devait pas être privé de ses droits à congés en raison de son état de santé.

Ce que change la loi du 22 avril 2024 (loi n°2024-364)

La loi n°2024-364 du 22 avril 2024 a modifié le Code du travail afin d’intégrer les exigences du droit européen. Désormais, les périodes d’arrêt maladie non professionnel ouvrent également droit à l’acquisition de congés payés.

Cette réforme concerne aussi bien les arrêts pour maladie classique que certaines situations d’accident ou d’absence médicalement justifiées.

La loi introduit également de nouvelles règles concernant le report des congés non pris et l’information obligatoire du salarié à son retour dans l’entreprise.

Combien de congés payés le salarié acquiert-il pendant un arrêt maladie ?

La réforme distingue désormais deux grandes catégories d’arrêts. Les règles d’acquisition diffèrent selon que l’absence est d’origine professionnelle ou non professionnelle.

Arrêt pour maladie ou accident non professionnel : 2 jours par mois, plafond 24 jours

Lorsqu’un salarié est placé en arrêt maladie ou en arrêt à la suite d’un accident non professionnel, il continue désormais à acquérir des congés payés.

L’acquisition est fixée à 2 jours ouvrables par mois d’absence, dans la limite de 24 jours ouvrables sur une période de référence complète.

Pour les employeurs, cette évolution implique une adaptation des méthodes de calcul et des outils de suivi RH. Les compteurs doivent intégrer ces nouvelles règles afin de garantir une gestion fiable des droits acquis.

Cette mesure permet de limiter l’impact d’une absence pour raison de santé sur la rémunération indirecte du salarié tout en préservant l’équilibre recherché par le législateur.

Arrêt pour accident du travail ou maladie professionnelle : 2,5 jours par mois

Les salariés victimes d’un accident du travail ou d’une maladie professionnelle bénéficient d’un régime plus favorable.

Ils continuent à acquérir 2,5 jours ouvrables de congés payés par mois d’absence, comme s’ils avaient effectivement travaillé.

Cette règle concerne les situations directement liées à l’activité professionnelle, y compris certains accidents de trajet reconnus dans les conditions prévues par la réglementation applicable.

Le maintien de ce niveau d’acquisition reflète la volonté du législateur de protéger les salariés confrontés à une atteinte à leur santé en lien avec leur travail.

Dans les PME disposant de nombreux horaires variables ou de plusieurs conventions collectives, l’utilisation d’un logiciel gestion du temps et des présences facilite la mise à jour des compteurs et le respect des nouvelles obligations légales.

Le salarié peut-il perdre ses congés non pris suite à un arrêt maladie ?

Le mécanisme de report de 15 mois : comment ça fonctionne ?

La réforme introduit un mécanisme destiné à protéger les salariés qui n’ont pas pu prendre leurs congés en raison de leur arrêt maladie.

Lorsqu’un salarié est empêché de prendre ses congés pendant son absence, il bénéficie désormais d’une période de report de 15 mois. Pendant cette période, les jours non utilisés restent disponibles et peuvent être pris après la reprise du travail.

Cette mesure vise à éviter qu’un salarié perde automatiquement des jours de congés simplement parce qu’il était en incapacité de les utiliser pendant son arrêt.

Pour les responsables RH, cette règle nécessite un suivi rigoureux des compteurs et des dates de référence. Elle s’inscrit dans une logique globale de gestion des temps et activités permettant de sécuriser les droits des salariés.

Quand le délai de 15 mois commence-t-il à courir ?

Le point de départ du délai de report dépend de la situation du salarié et de l’information qui lui est communiquée par l’employeur.

En principe, le délai commence lorsque le salarié reçoit les informations obligatoires relatives à ses droits à congés après sa reprise d’activité.

Cette précision est essentielle car elle conditionne la possibilité pour l’employeur d’opposer une expiration du délai de report.

En pratique, conserver une preuve de l’information transmise constitue une mesure de sécurisation importante pour l’entreprise.

Quelles obligations pour l’employeur au retour du salarié ?

La loi renforce les obligations d’information de l’employeur afin de garantir une parfaite visibilité des droits acquis.

• Informer le salarié par écrit dans le mois suivant sa reprise d’activité.
• Préciser le nombre de jours de congés acquis.
• Indiquer la période pendant laquelle les congés peuvent être pris.
• Utiliser un support daté : fiche de paie, courrier ou document équivalent.

Cette obligation d’information constitue un élément central du nouveau dispositif. Une information incomplète ou absente peut compliquer la gestion du délai de report et exposer l’entreprise à des contestations.

Les organisations qui disposent d’une pointeuse horaire associée à un système de suivi des temps bénéficient généralement d’une meilleure traçabilité des absences, des reprises et des compteurs de congés.

Dans le cadre d’une politique globale de congés payés, il est recommandé de formaliser les procédures internes afin de garantir une application homogène de la réglementation.

FAQ : vos questions sur la perte de congés et l’arrêt maladie

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Les nouvelles règles relatives à l’arrêt maladie, à l’acquisition des congés payés et au report des droits renforcent les exigences de conformité pour les employeurs. Une gestion rigoureuse des compteurs, des absences et des périodes de référence devient indispensable.

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Pour approfondir ces sujets, consultez également notre dossier consacré à la gestion des congés.

Sources officielles :

• Legifrance
• Service-public.fr
• Code du travail numérique